הדת המרכזית בצפון מקדוניה היא הנצרות האורתודכסית, אך יש גם מיעוט גדול למדיי של מוסלמים. בניגוד לשכנותיה, אלבניה וקוסובו, מקדוניה נחשבת למדינה דתית יותר, ויש להיות יותר מודעים לחגים ומועדים של הדתות השונות לקראת ביקור בה.
תולדות הדת בצפון מקדוניה
לצפון מקדוניה היסטוריה דתית ארוכה ומגוונת שעוצבה על ידי מאות שנים של כיבוש והגירה. לפני הגעת הנצרות במאה ה-4, האזור שהוא כיום צפון מקדוניה היה ביתם של מגוון מסורות דתיות, כולל פגאניות ויהדות. עם הגעת הנצרות, הפכה מקדוניה למרכז חשוב של הכנסייה האורתודוכסית, ובאזור נבנו מנזרים וכנסיות חשובות רבות, דוגמת סנט. נאום הנמצא בדרום אגם אוכריד.
יש לזכור כי הגבולות של מקדוניה לא התקיימו באותו אופן לאורך ההיסטוריה, והיא לא הייתה מדינה נפרדת או אפילו מחוז נפרד. רבים משטחיה של אלבניה היו שייכים בתקופה העות'מאנית לוילאטים שהיו חלק מקוסובו ואלבניה, ולכן יש בה גם מוסלמים רבים.
בתחילת המאה ה-20 היו במקדוניה קהילות נוצריות, מוסלמיות ויהודיות משמעותיות. מתוך יהודי מקדוניה, כ-98% הושמדו בשואה וכמעט כל אלו שנותרו היגרו ממנה, ולכן כיום אין שם קהילה משמעותית.
אמנם לאחר מלחמת העולם השניה הונהגה באיזור מדיניות סוציאליסטית תחת יוגוסלביה, אך הדת לא נאסרה ואנשים המשיכו לתרגל את דתם בחופשיות.
דת בצפון מקדוניה של ימינו
כיום, על פי ההערכות, יש במדינה כ-65% נוצרים אורתודוכסים, ולפחות 25% מוסלמים סונים ממוצא אלבני.
לכנסייה האורתודוכסית המזרחית יש נוכחות משמעותית בצפון מקדוניה, עם כנסיה אורתודוכסית מקדונית עצמאית. הנוכחות מורגשת במיוחד באזורים המזרחיים והמרכזיים, כאשר במערב המדינה, הגובל באלבניה, נפוץ יותר האסלאם. המדינה היא ביתם של כמה מנזרים וכנסיות חשובות, כולל מנזר סנט נאום, שנמצא על חוף אגם אוכריד, והכנסיות הרבות האחרות הנמצאות בתוך תחומי העיר העתיקה באוכריד.
הכנסיה האורתודוכסית המקדונית
הכנסייה המקדונית האורתודוכסית היא כנסייה אורתודוכסית נוצרית שבסיסה בצפון מקדוניה. זוהי אחת הכנסיות האורתודוקסיות האוטוצפליות, כלומר היא בעלת שלטון עצמי ויש לה היררכיה משלה של בישופים ופטריארכים. הכנסייה האורתודוכסית המקדונית הוקמה בשנת 1967, אך הוכרה רשמית על ידי כנסיות אורתודוכסיות אחרות רק בשנת 1993.
הכנסייה האורתודוכסית המקדונית נוצרה כתוצאה מפיצול מהכנסייה הסרבית האורתודוכסית בשנות ה-60. באותה תקופה, מקדונים רבים הרגישו שהכנסייה הסרבית האורתודוכסית לא מייצגת את האינטרסים שלהם בצורה מספקת וכי הם זקוקים לכנסייה משלהם שתוכל לשקף טוב יותר את המורשת התרבותית והלשונית הייחודית שלהם. הפיצול לא הוכר בתחילה על ידי כנסיות אורתודוכסיות אחרות, והכנסייה המקדונית האורתודוכסית פעלה ככנסייה לא קנונית במשך שנים רבות.
בשנת 1993, הכנסייה האורתודוכסית המקדונית קיבלה אוטוצפליה (שלטון עצמי) על ידי הכנסייה הבולגרית האורתודוכסית, שהוכרה בעצמה על ידי הכנסיות האורתודוכסיות האחרות. הכרה זו הייתה שנויה במחלוקת, וכנסיות אורתודוכסיות רבות, כולל הכנסייה האורתודוכסית הסרבית, לא הכירו באוטוצפליה של הכנסייה האורתודוכסית המקדונית עד הרבה יותר מאוחר.
אסלאם במקדוניה
כמו שכבר צוין, במקדוניה יש לא מעט מוסלמים. הקהילה המוסלמית בצפון מקדוניה היא בעיקרה סונית, ובמדינה נמצאים כמה מסגדים חשובים, כולל מסגד מוסטפה פאשה בסקופיה, שנבנה בסוף המאה ה-15, והמסגד המצויר בטטובו שמושך אליו תיירים רבים. בניגוד לאלבנים באלבניה גופא ובקוסובו, האלבנים המוסלמים במקדוניה נחשבים לדתיים יותר באופן כללי.